米憐與馬禮遜牧師創校
提到英華書院的建立，英國基督教傳教士米憐與馬禮遜牧師功不可抹。米憐牧師於1813年來華傳教，因受到澳門天主教徒的排擠，改而到馬六甲傳教，1818年在馬六甲創辦英華書院，可惜因病於1822年因病去世。馬禮遜為首批來華傳教的英國倫敦傳道會傳教士，亦為近代《聖經》的翻譯者，並編撰《通用漢語之法》及《華英字典》等著作。馬禮遜非常支持米憐的創校工作。1823年馬禮遜前往馬六甲，重新肯定英華書院以宣教為目標的發展方向，又在該校授課及改善學校設施，他返回英國後，更為學校募得大量物資和捐款。馬禮遜的兒子馬儒翰也曾入讀該恔。馬儒翰在香港開埠初期，曾擔任港府輔政司（即今日的政務司司長），可能對教會把英華書院遷到香港的決定，有一定的影響。
理雅各博士與遷校香港
1840年理雅各接任英華書院校長，1841年英軍佔領香港，1842年南京條約簽訂後，香港正式成為英國殖民地，英國倫敦傳道會為開展對華傳教工作，便要求理雅各把英華書院遷到香港。1844年1月，理雅各等人賣出馬六甲英華書院的舊校舍，籌款投得士丹頓街的一塊地皮，興建 「傳道會大樓」，英華書院在二樓上課。
英華書院設有印刷所，主要業務包括鑄售活字和印製書刊。香港首份中文報刊《遐邇貫珍》便是由英華書院承印。黃勝（香港第二位華人立法局議員）、王韜（中國近代思想家）、洪仁玕（洪秀全族弟，太平天國的改革者）都曾在書院中工作過。
從停辦到復校
1850年代中期，英華書院學生人數已達50人，但對理雅各等人來說，學校的教育效果未達預期的目標，因為當時學校的辦學目標，是為教會培訓傳道人，書院的畢業生多數從商或出任政府的翻譯，極少數人會從事宣教活動。到了1857年，英法聯軍之役爆發的關係，理雅各停辦英華書院。
到了1914年，在一群熱心的華人基督教徒推動下，英華書院正式復校。書院復校後，改於堅道上課。1916年該校學生人數增至130人。至1917至1928年間，校址遷到今日般含道78號。到了1928年，書院遷到九龍弼街。二次世界大戰後，校方為鼓勵同學恪守基督意旨，用 「篤信善行」四字作為校訓，並設計新校徽。書院校董會向港府申請土地興建新校舍，港府批出九龍塘牛津道1號B的地皮興建新校舍。新校舍於1963年落成，由港督柏立基主持落成典禮。香港回歸初期，書院校董會計劃復辦英華小學，計劃把小學與中學設在同一校園。特區政府批出深旺道的地皮供書院遷校之用。新校舍於2003年啟用。隨後書院與小學改為直資學校，為秉承前賢「有教無類」的精神，只收取低廉學費，讓基層學童有同等機會接受優質教育。