高鐵「一地兩檢」方案自七月出爐後引起熱議。由民主派、民間團體及大學生組成的「一地兩檢關注組」,在9月16日舉辦替代方案研討會,分別提出6個不同的方案,包括兩地兩檢、車上檢及北上預檢等。9月25日,關注組舉行商討日進行投票,選出「內地一地兩檢」為推薦單一替代方案,即於最少一個內地車站設立一地兩檢口岸,辦理港方及內地出入境手續,港方口岸將實施深圳灣口岸安排。關注組召集人陳淑莊表示,此方案才最符合深圳灣「一地兩檢」模式,促請相關官員盡快與關注組會面,討論方案的可行性。
不過,運輸及房屋局局長陳帆回應說,「內地一地兩檢」方案限制較多。若乘客要在內地指定關口或城市另行辦理通關手續,是費時失事。他直言,對「內地一地兩檢」已作過解釋,再辯論的意義不大。