高鐵「一地兩檢」方案自七月出爐後引起熱議。由民主派、民間團體及大學生組成的「一地兩檢關注組」，在9月16日舉辦替代方案研討會，分別提出6個不同的方案，包括兩地兩檢、車上檢及北上預檢等。9月25日，關注組舉行商討日進行投票，選出「內地一地兩檢」為推薦單一替代方案，即於最少一個內地車站設立一地兩檢口岸，辦理港方及內地出入境手續，港方口岸將實施深圳灣口岸安排。關注組召集人陳淑莊表示，此方案才最符合深圳灣「一地兩檢」模式，促請相關官員盡快與關注組會面，討論方案的可行性。
不過，運輸及房屋局局長陳帆回應說，「內地一地兩檢」方案限制較多。若乘客要在內地指定關口或城市另行辦理通關手續，是費時失事。他直言，對「內地一地兩檢」已作過解釋，再辯論的意義不大。